تم إنشاء قسم المحاسبة عام 1429هـ مع إنشاء كلية إدارة الأعمال بموجب التوجيه السامي رقم 5150/م ب بتاريخ 1429/7/3هـ والمتضمن على موافقة خادم الحرمين الشريفين رئيس مجلس الوزراء ورئيس مجلس التعليم العالي على 

إنشائه ليكون ضمن الأقسام العلمية المتاحة للطلاب المنتسبين لجامعة الحدود الشمالية. ويحظى باهتمام سوق العمل ويقدم برنامجاً علمياً متكاملاً بالاشتراك مع الأقسام العلمية الأخرى بالكلية والجامعة. ويمنح القسم درجة البكالوريوس في المحاسبة التي تعتبر الركيزة الأساسية لمزاولة مهنة المحاسبة والمراجعة والتهيئة للحصول على الزمالات المهنية. ويخطط القسم لإنشاء برنامج التجسير وبرامج الدراسات العليا وبرامج الدبلوم المتوسط. بالقسم حالياً أعضاء هيئة تدريس متميزين ذوو خبرات متنوعة، وبانتظار عودة بعض المبتعثين، مع التخطيط لابتعاث آخرين. لقد احتفل القسم بباكورة إنتاجه بنهاية العام الدراسي 1434/1433هـ بتخرج الدفعة الأولى من الطلاب والطالبات.